獲山東省醫院管理先進集體榮譽稱號，是濟南市基本醫療保險、工傷保險、生育保險和省、市屬企業離休人員醫療保險定點醫院，是山東省首批八家農民工工傷定點醫院，是山東省醫療救助定點醫院，省內轉診定點醫院。是山東省“360工程”技術培訓基地。醫院榮獲2007年度全市疾病預防控制工作先進集體，濟南市醫療保險定點醫療機構目標規范化管理信用等級A級單位;

經山東省人民政府批準，加掛山東省中西醫結合醫院牌子，成為全省唯一的省級中西醫結合醫院;。2007年12月30日山東中西醫結合醫院揭牌儀式　成立健康查體中心，占地約2800㎡，建筑面積780㎡。設有內、外、婦、五官、放射、特檢以及其它非常規檢查科室。擁有全自動血壓計、多導自動分析心電圖機、X光機、黑白及彩色B超、乳腺紅外線掃描儀、現代化大型流動體檢車和現代辦公用品。同時，共享醫院螺旋CT、ECT、核磁共振、DSA、數字胃腸、CR、DR、顱腦多普勒、大型全自動生化分析儀、全自動生化學發光免疫分析儀、全自動血細胞分析儀等先進設備資源。年完成約4萬多人的健康體檢。參與公益事業。先后與省紅十字會和慈善總會聯合開展了先心病、白內障等疾病的醫療救助扶貧工作。2006年9月參加了山東省援藏復明手術醫療隊，為30

醫院被山東中醫藥大學增設為山東中醫藥大學第二臨床醫學院，2007年醫院以全優的成績通過國家教育部本科教學評估。

根據山東省衛生廳《魯衛字(2005)113號》文件通知，山東中醫藥大學第二附屬醫院新印章正式啟用。

經山東省人民政府批準，整建制移交山東中醫藥大學管理，根據省政府《關于同意將濟南鐵路中心醫院移交山東中醫藥大學管理的批復》，將濟南鐵路中心醫院更名為山東中醫藥大學第二附屬醫院，為省屬財政補貼的處級衛生事業單位，定編1022人。

與濟南市勞動和社會保障局聯合創辦成立濟南市職工工傷醫療康復中心。2008年成為山東省工傷康復試點機構;2009年成為國家工傷康復試點機構，同年成立中西醫結合康復醫學研究室;2010年在成為山東省中醫藥特色?？平ㄔO單位、國家中醫藥管理局“十一五”重點?？茀f作組成員單位;2011年獲得全省衛生系統十大質量品牌“康復直通車”、成為山東省康復醫師規范化培訓醫院和山東省康復治療技術定點培訓綜合醫院;2012年是山東省中醫藥重點?？漆樉目?二級科室)建設單位、國家中醫藥管理“十二五”重點?？平ㄔO單位、國家臨床重點?？瓶祻涂?中醫專業)?！　∽鳛樯綎|省康復醫師、康復治療技術人員定點培訓綜合醫院、濟南市殘疾人康復技術人員培訓基地，先后與濟南市、淄博市、德州市、聊城市、菏澤市、泰安市等10余個地方簽訂了康

新建二門診及生殖醫學科大樓建成使用，樓層6層，建筑面積7,677平方米。衛生部批準的山東省正式運行體外受精—胚胎移植、卵泡漿內單精子顯微注射術三家醫療機構之一，是山東省首批獲準開展夫精人工授精技術的醫療機構，是山東省“十一五”重點實驗室、輔助生殖技術三級實驗室、是國家中醫藥管理局“十二五”重點學科(中醫男科學)、2014年成為山東省首批中醫藥重點科研。2012年經省衛生廳批準開始實施供精人工授精技術

醫院獲得“山東省衛生系統文明單位”稱號。

全國質量萬里行暗訪調查中本院工作受到表彰;9月濟南鐵路分局濟南鐵路醫院合并隸屬我院管理，改名為第三門診部。

醫院新建1.8萬平方米的綜合病房大樓落成并啟用，新綜合病房大樓具備中央空調、中心供氧、中心吸引(人體分泌物)設備和緊急呼叫系統;擁有ICU、CCU、NICU、血液凈化中心，以及按照各手術?？乒δ芊謩e設計的10個手術室，其中包括心臟手術和器官移植手術專用的百級手術室。同年醫院被命名為“山東省百佳醫院”和“鐵道部十佳醫院”

醫院先后購進CT、MR、DSA、ECT、CR、DR、射頻消融、重癥監護(CCU、ICU)、眼科準分子激光治療儀、生殖醫學科IVF實驗室、全自動生化分析儀等，使醫療設備固定資產總額2004年達到8,542萬元。

院長：葛明黨委書記：董永全、朱琛、馮建華、孟令軍葛明1997—至今董永全1995.4-2001.3朱琛2001.3-2005.3馮建華2005.3-2008.6孟令軍2008.6至今